Thermo Scientific Proteome Discoverer 是一款为蛋白质研究领域设计的综合分析工具，提供定制化工作流程。该软件可支持多种工作流程，包括肽和蛋白质的鉴定、翻译后修饰分析、同位素标记以及无标记定量。软件能够处理来自多种数据获取方法的数据，包括数据独立获取（Data-Independent Acquisition, DIA）、依赖性数据获取（Data-Dependent Acquisition, DDA）和宽窗口获取（Wide Window Acquisition, WWA）。
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