Kundu实验室致力于功能微生物组学与干细胞的研究，重点关注神经干细胞与肠道干细胞。我们的最新研究发现，母体肠道菌群可对胎儿干细胞进行程序化调控，揭示了孕期母体微生物代谢产物如何影响子代的发育、长期健康、行为模式以及疾病恢复能力（Dang等，Cell Stem Cell，2025）。此外，我们还发现结肠隐窝特异性微生物菌群能够通过调控肠道干细胞增殖，发挥抑制结肠癌发生的作用（Zhang等，Nature Microbiology，2025）。目前，我们正围绕肠道菌群-干细胞互作如何调控发育、衰老、肿瘤等复杂生理与病理生理过程展开深入研究。实验室主要采用整合性系统生物学方法，结合无菌动物与转基因动物模型、多组学技术、神经球/类器官培养体系及队列研究等多种技术开展相关课题研究。

1. 孕期母体肠道菌群对胎儿神经干细胞和肠道干细胞的调控作用，及其对后代疾病易感性的影响；

2. 肠道微生物组与肠道干细胞互作在肿瘤发生中的作用；

3. 噬菌体对肠道微生物组的重要调控作用及其对宿主干细胞的影响。

2. 揭示了肠道隐窝微生物群在预防宿主结肠肿瘤发生中的关键保护作用（Zhang等，Nature Microbiology，2025）；

3. 证实了肠道微生物群在宿主衰老过程中的重要作用（Kundu等，Science Translational Medicine，2019）；

4. 阐明了干细胞信号通路与微生物群在肠道肿瘤发生中的协同作用（Kundu等，Science Translational Medicine，2015；Li等，Carcinogenesis，2012）。

1. Zhang S, Peng L, Goswami S, Li Y, Dang H, Xing S, Feng P, Nigro G, Liu Y, Ma Y, Tinglei J, Yang Y, Barker N, Sansonetti S and Kundu P*. Intestinal crypt microbiota modulates intestinal stem cell turnover and tumorigenesis via indole acetic acid. Nat Microbiol. Feb19. doi: 10.1038/s41564-025-01937-5 (2025). Link to the paper: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39972061/ 

2. Dang H, Feng P, Zhang S, Peng L, Xing S, Li Y, Wen X, Zhou L, Goswami S, Xiao M, Barker N, Sansonetti S and Kundu P*. Maternal gut microbiota influence stem cell function in offspring. Cell Stem Cell. Feb 6;32(2):246-262.e8. doi:10.1016/j.stem.2024.10.003 (2025). Link to the paper: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39667939/  

3. Kundu P*, Lee H U, Perez I G, Tay X Y, Kim H, Faylon L E, Ann M K, Purbojati R, Moses D, Ghosh S, Nicholson J K, Schuster S, Holmes E and Pettersson S*. Neurogenesis and prolongevity signaling in young germ-free mice transplanted with the gut microbiota of old mice. Sci Transl Med. Nov 13;11(518). doi:10.1126/scitranslmed.aau4760 (2019). *Corresponding authors. Link to the paper: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31723038/ 

4. Kundu P$,*, Blacher E$,, Elinav E* and Pettersson S*. Our gut microbiome: The evolving inner self. Cell. Dec 14;171(7):1481-1493. doi: 10.1016/j.cell.2017.11.024 (2017). *Corresponding authors, $Equal contribution. Link to the paper: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29245010/ 

5. Kundu P¹, Genander M¹, Str..t K, Classon J, Ridgway R A, Tan E H, Bj.rk J, Martling A, Es J V, Sansom O J, Clevers H, Pettersson S and Frisen J. An EphB-Abl signaling  pathway is associated with intestinal tumor initiation and growth. Sci Transl Med. Apr 1;7(281):281ra44. doi: 10.1126/scitranslmed.3010567 (2015). Link to the paper: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25834110/