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Thermo Scientific Proteome Discoverer

Thermo Scientific Proteome Discoverer 是一款为蛋白质研究领域设计的综合分析工具，提供定制化工作流程。该软件可支持多种工作流程，包括肽和蛋白质的鉴定、翻译后修饰分析、同位素标记以及无标记定量。软件能够处理来自多种数据获取方法的数据，包括数据独立获取（Data-Independent Acquisition, DIA）、依赖性数据获取（Data-Dependent Acquisition, DDA）和宽窗口获取（Wide Window Acquisition, WWA）。

LipidSearch

LipidSearch软件是自动脂质鉴定软件，提供了独特的算法和先进的技术，旨在为用户提供自动化优势，对于各种复杂的数据和生物样本带来准确、自动的鉴定。LipidSearch软件可处理 LC-MS 数据，包括由Orbitrap质谱仪生成的高分辨率精确质量数据，从而提供准确的脂质鉴别、相对定量测定和结果可视化。

PEAKS Studio

PEAKS Studio是一个基于蛋白质质谱数据的一站式软件分析平台，其能够完整地进行从发现目标蛋白开始的蛋白质组分析流程，包括蛋白鉴定及定量、翻译后修饰（PTM）和序列变体（突变）分析以及肽段/蛋白从头测序。

Compound Discoverer

Compound Discoverer软件是一款用于代谢物分析的软件。该软件能够自动使用多数据库和谱图库进行搜索以鉴定化合物。软件支持搜索DDA和DIA采集的质谱数据。软件支持自定义工作流程、灵活可视化、分组工具和交互式链接显示来控制数据处理。