首都医学科学创新中心-张昱

研究人员

张昱

zhangyu(at)cimrbj.ac.cn

高级研究员

zhangyu(at)cimrbj.ac.cn

北京师范大学生物系生物化学学士

北京师范大学生物系生物化学硕士

瑞士巴塞尔大学生物系遗传学博士

工作经历

2023.09至今

首都医学科学创新中心高级研究员

2019.01-2022.04

清华大学生物医学交叉研究院遗传学，实验室主任/助理教授

2013.01-2023.08

北京生命科学研究所遗传学实验室主任/研究员

2005.10-2012.12

美国哈佛大学医学院免疫疾病研究所遗传学博士后

2004.05-2005.09

瑞士弗雷德里克-米歇尔研究所遗传学博士后

研究方向

张昱实验室开发并使用功能基因组筛选、多组学高通量测序技术和生物信息分析等方法，结合体内、体外小鼠和人类肿瘤模型，研究肿瘤免疫中关键分子的调控机制，研发肿瘤免疫治疗的新方法，并将研究成果进行临床转化。

主要研究课题

1.肿瘤免疫中新机制和免疫检查点的鉴定和靶向方法

近年来肿瘤的免疫治疗发展迅速，是目前治疗肿瘤最有效的策略之一。然而，这些免疫疗法只在某些肿瘤类型和某些患者中表现出显著疗效，其中的机制目前尚不清楚。本实验室通过将体外和体内的全基因组及定制的CRISPR/Cas9筛选相结合，旨在系统地鉴定出可调控肿瘤免疫治疗效果的新基因和相关通路。

2. 肿瘤免疫中B细胞的功能和调控

众所周知，T淋巴细胞所介导的适应性细胞免疫在肿瘤免疫应答中具有重要作用，但B淋巴细胞在肿瘤的发生、发展及治疗中所起到的作用是近年来才逐渐被关注到的，且大多都存在争议。有趣的是，近来的研究表明，在患者接受免疫治疗时，肿瘤内的B细胞和三级淋巴结构（TLSs）可能与更好的预后相关，但其中的细胞和分子机制目前仍不清楚。本实验室正致力于将人类TLSs的多组学分析与小鼠肿瘤模型相结合，以剖析B淋巴细胞在肿瘤免疫中的具体作用。

3. 利用细胞工程和基因组编辑治疗人类疾病

随着对人类疾病中分子和细胞机制的深入了解，靶向特定致病细胞或其前体细胞的策略已逐渐发展为新一代治疗手段。其中，细胞疗法（如嵌合抗原受体T细胞（CAR-T）、CAR-NK、CAR-Macrophage等）对某些人类肿瘤展现出了惊人的疗效。有趣的是，近年来这类靶向致病细胞的疗法已扩展到其他非肿瘤疾病领域，如心脏纤维化和衰老相关疾病。本实验室正在开发新一代的细胞治疗策略用于治疗人类疾病。

主要成果与贡献

1. 组蛋白脱乙酰化酶6的功能（EMBO J，2003；G & D，2005；JBC，2006；MCB，2008）

2. 染色体转位的机制（Cell，2011；Cell，2012；Cell，2013；PNAS，2016）

3. Cas9的脱靶和靶向机制（Cell Research，2014）

4. 利用Cas9进行基因组标记（Genome Biology，2018a；Genome Biology，2018b；JMCB，2019）

5. 利用单细胞测序研究免疫细胞在疾病中的变化和功能（Circulation，2020； Nature Communications，2021）

代表性文章

Hu QT*, Hong Y*, Qi P*, Lu GQ, Mai XY, Xu S, He XY, Guo Y, Gao LL, Jing ZY, Wang JW, Cai T, Zhang Y. Atlas of breast cancer infiltrated B-lymphocytes revealed by paired single-cell RNA-sequencing and antigen receptor profiling. Nature Communications, 2021, 12: 2186. DOI: 10.1038/s41467-021-22300-2

Hua XM, Hu G, Hu QT, Chang Y, Hu YQ, Gao LL, Chen X, Yang PC, Zhang Y^#, Li MY^#, Song JP^#. Single-Cell RNA Sequencing to Dissect the Immunological Network of Autoimmune Myocarditis. Circulation, 2020, 142: 384-400. DOI: 10.1161/CIRCULATIONAHA.119.043545

Han DQ, Hong Y, Mai XY, Hu QT, Lu GQ, Duan JZ, Xu JR, Si XF, Zhang Y. Systematical study of the mechanistic factors regulating genome dynamics in vivo by CRISPRsie. Journal of Molecular Cell Biology, 2019, 11: 1018-20. DOI: 10.1093/jmcb/mjz074

Duan JZ*, Lu GQ*, Hong Y*, Hu QT*, Mai XY, Guo J, Si XF, Wang FC, Zhang Y. Live imaging and tracking of genome regions in CRISPR/dCas9 knock-in mice. Genome Biology, 2018, 19: 192. DOI: 10.1186/s13059-018-1530-1

Hong Y, Lu GQ, Duan JZ, Liu WJ, Zhang Y. Comparison and optimization of CRISPR/dCas9/gRNA genome-labeling systems for live cell imaging. Genome Biology, 2018, 19: 39. DOI: 10.1186/s13059-018-1413-5

Lu GQ*, Duan JZ*, Shu S, Wang XX, Gao LL, Guo J, Zhang Y. Ligase I and ligase III mediate the DNA double-strand break ligation in alternative end-joining. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016, 113: 1256-60. DOI: 10.1073/pnas.1521597113

Duan JZ*, Lu GQ*, Xie Z, Lou ML, Luo J, Guo L, Zhang Y. Genome-wide identification of CRISPR/Cas9 off-targets in human genome. Cell Research, 2014, 24: 1009-12. DOI: 10.1038/cr.2014.87

Zhang Y*, McCord RP*, Ho YJ, Lajoie BR, Hildebrand DG, Simon AC, Becker MS, Alt FW^#, Dekker J^#. Spatial organization of the mouse genome and its role in recurrent chromosomal translocations. Cell, 2012, 148: 908-21. DOI: 10.1016/j.cell.2012.02.002

Chiarle R*, Zhang Y*^#, Frock RL*, Lewis SM*, Molinie B, Ho YJ, Myers DR, Choi VW, Compagno M, Malkin DJ, Neuberg D, Monti S, Giallourakis CC^#, Gostissa M^#, Alt FW^#. Genome-wide translocation sequencing reveals mechanisms of chromosome breaks and rearrangements in B cells. Cell, 2011, 147: 107-19. DOI: 10.1016/j.cell.2011.07.049

Alt FW, Zhang Y, Meng FL, Guo CG, Schwer B. Mechanisms of programmed DNA lesions and genomic instability in the immune system. Cell, 2013, 152: 417-29. DOI: 10.1016/j.cell.2013.01.007